Beacon Designer下载

Beacon Designer是一款专门为生物试验领域量身定制的专业设计工具。该软件融合了有机化学的公式计算功能，用户可以在分析生物数据信息时，将有机化学公式计算直接导入软件，并加以标注。另外软件还能将生物数据分析结果转换为遗传基因实体模型进行查询。以下是该软件的主要功能：

功能概述

SYBR® Green 实验设计

SYBR® Green是即时PCR中最常用的化学分子。Beacon Designer能够设计SYBR® Green PCR引物，并协助用户进行流板引物评估。用户可以独立操作设计主要参数，或直接选择由专家研究和沟通后获得的初始值。另外用户还可以根据特定试验需求自行设定初始值。除了在目标基因的任意部位定位引物外，Beacon Designer还能跨内显子-内显子或外显子-外显子设计引物。跨外显子内含子联接的引物设计有利于从gDNA中选择性地获得cDNA。

HRMA 实验设计

Beacon Designer提供了一种高效检测突变的方法。与基于探针的基因型分析相比，HRMA更具经济性。该软件采用一种独特的专利优化算法，可以设计出检测突变的最佳引物。HRMA引物将感兴趣的突变设计在最小的扩增子中，可以检测到解链温度的变化。引物防止了模板的二级结构，确保了合理的引物拓宽。HRMA引物可以在NCBI上核对多肽链信息以检测非特异性。另外预引物和已发布的引物也可用于检测。

双标记探针设计

Beacon Designer目前支持基于四种探针的化学变化：TaqMan 探针。Beacon Designer可以协助用户研究不同基因的表达以及单多肽链多态性。同样用户可以选择LNA取代TaqMan探针，它比TaqMan探针更稳定。Beacon Designer还可以协助用户设计甲基化的TaqMan探针。MethyLight是一种高通量测序分析，用于区分甲基化和非甲基化的DNA。根据Beacon Designer，可以设置甲基化和非甲基化链，以及未处理的DNA序列，来适度地控制引物和探针的设计。用户可以使用这些有机化学物质评估预设计的/已发布的引物或TaqMan探针。

分子结构信标设计或评估

分子结构信标或用于NASBA分析的分子结构信标。NASBA是一种依赖于引物的技术，用于在单一温度下的持续扩增。用户可以设计单一温度或多反应的分子结构信标。

Scorpions

Beacon Designer适用于Scorpions引物和探针的设计。Scorpions分析不依赖于探针的酶促反应。引物和探针在反应过程中紧密偶联。

FRET探针

Beacon Designer可以对先前设计的FRET探针进行再设计和评估。在Beacon Designer中，FRET探针可以与SYBR® Green偶联。

应用特点

引物分析：在生物编码序列上进行大量的基因分析。

基因变异分析：将应用基因变异的编码序列载入试验进行分析。

DNA引物分析：分析试验数据信息的转变。

生物分析：拓展数据信息的转变以及外界分子结构。

基因编码序列分析：创建多种基因的编码序列分析。

碳水化合物研究：检测碳水化合物的科学研究数据信息。

生物编码序列分析：在分析生物编码序列的情况下得到更强的指标值。

多肽链形成图型显示：将检测的单多肽链形成图型显示。

生物链制作：制作生物链。

遗传基因模型设计：设计遗传基因模型。

如何使用

导入数据：将生物数据信息导入软件进行分析。

选择分析类型：根据需求选择相应的分析类型（如SYBR® Green、HRMA等）。

设计引物：根据分析类型设计引物，并设置相关参数。

评估引物：对设计的引物进行评估，确保其稳定性和特异性。

输出结果：将分析结果输出，并进行进一步的分析和研究。