应用特点
Primer Premier(生物PCR测序引物软件)是一款专注于PCR或转录组测序引物及其混种探头设计方案的软件工具。该软件由澳大利亚Premier企业精心研发,具备以下关键特点:
编码序列编写对话框(Genetank):用于输入和编辑编码序列。
引物设计对话框(Primer Design):提供高效的引物设计功能。
酶切分析对话框(Restriction Sites):分析DNA序列中的酶切位点。
纹基分析对话框(Motif):进行DNA基元(motif)搜索。
如何使用
Primer Premier软件的操作简便,以下为使用步骤:
运行安装程序:执行Primer Premier 6.0 Installer.exe进行安装。
更新RMToolkit.jar文件:将C:\Program Files\Primer Premier 6.0\http\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600目录下的RMToolkit.jar文件更新。
设计引物:在引物设计对话框中,通过手动拖拽鼠标添加所需片段的引物。
参数设置与自动搜索:在手动操作过程中,软件实时显示各种主要参数的更改,并分析可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。用户可设定标准,让软件自动搜索引物,并显示引物分析数据。
软件亮点
Primer Premier软件具有以下亮点:
模板DNA来源转换:能够根据相对遗传密码标准,将DNA和氨基酸序列进行转换。
遗传密码标准选择:提供八种微生物亚构造的遗传密码标准供用户选择,包括纤毛虫大核、节肢动物线粒体、衣原体、绿色植物线粒体、腔肠动物线粒体、一般规范、哺乳动物线粒体和酵母菌线粒体。
引物全自动检索:软件具备出色的引物全自动检索功能,可进行部分指标值的分析。
易用性:Primer Premier软件操作简单,已被引物设计领域人员高度评价。
软件功能
四大关键页面:编码序列编写对话框(Genetank)、引物设计对话框(Primer Design)、酶切分析对话框(Restriction Sites)和纹基分析对话框(Motif)。
引物设计:软件主要用于引物设计。
参数设置与分析:软件实时显示各种主要参数的更改,并分析可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。
自动搜索与结果展示:设定标准后,软件自动搜索引物,并展示引物分析数据。
安装与更新
安装Primer Premier 6.0:运行Primer Premier 6.0 Installer.exe进行安装。
更新RMToolkit.jar文件:将C:\Program Files\Primer Premier 6.0\http\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600目录下的RMToolkit.jar文件更新。
寻找RMToolkit.jar更换路径:如果变更了安装文件,根据变更的途径寻找RMToolkit.jar进行更换。
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