Ledock下载

Ledock是一款先进的分子对接软件，特别适用于大规模虚拟筛选，以其卓越的运行速度著称。该软件基于“锁-钥”配位与蛋白激酶功效的基本原理，通过仿真模拟小分子与蛋白激酶分子伴侣的相互作用，深受相关学科建设领域专业人士的青睐。

应用特点

快速高效：Ledock在分子对接领域以其快速的计算速度而闻名，极大地提高了研究效率。

精确对接：软件采用精确的对接算法，确保对接结果的准确性。

用户友好：界面简洁直观，操作便捷，便于不同水平的用户使用。

使用方法

Ledock软件包含两个主要菜单栏：LePro和LeDock。

LePro菜单

蛋白质处理：在LePro的“Protein input”中，选择蛋白质文件3cl0.pdb的路径（注意路径中不能包含汉字）。软件将自动生成处理后的蛋白质文件pro.pdb及分子对接参数文件dock.in。

添加氢原子：点击“Add Hydrogen”，pro.pdb和dock.in文件将立即生成。其中dock.in文件包含了均方根误差（RMSD）、结合口袋及结合构象数量等参数。

RMSD：表示对接构象聚类算法时的RMSD截断值。

结合口袋：表示结合结构域的3D坐标，分别为Xmin-Xmax、Ymin-Ymax、Zmin-Zmax。

结合构象数量：表示生成的构象数量，经聚类算法后生成的构象数会低于原始数量。

LeDock菜单

蛋白质输入：在LeDock的“Protein input”中，指定上一步生成的pro.pdb文件的路径。

对接输入：指定上一步生成的dock.in文件的路径。

配体输入：在“Ligand input”中，指定需要对接的配体文件——lig.mol2的路径（该路径需与前两个文件路径相同，且对接分子结构必须为mol2文件格式）。

开始对接：点击“Start docking”，生成Iig.dok文件（对接产生的化学物质构象所属文件），可用Pymol等软件观察化学物质的构象。